La tradizione ricorda che Francesco soggiornò a Massa e qui promosse la formazione di un primo nucleo di frati.
I documenti attestano la presenza dei Francescani solo a partire dalla metà del XIII secolo quando iniziò la costruzione del convento, che originariamente era posto all’interno delle mura cittadine. Dell’antica chiesa di San Francesco non restano che l’abside e una parte della navata.
​All’interno della chiesa si trova il sepolcro di Bindoccio, figlio di Margherita Aldobrandeschi e di Nello Pannocchieschi di Pietra, che la tradizione ricorda essere stato sposato in prime nozze con la Pia dei Tolomei.